ごく普通の人と言う意味で使われます。john doeとやや違うところは自分をaverage joe like us,,,私たちのような一般の庶民は、と言う使い方が出来ることです。average joes and joans(1:22の所です)のように複数形で使われることもあります。
http://www.youtube.com/watch?v=m-FBV3-pwDk#t=44 0:40 the average joe would say, well it would be the guy on the right. 普通の人間なら写真の右側の人間がマクドナルドを食った人間と思うだろう